作为异于人类的变种生物,师父斯普林特和忍者神龟组成的“龟鼠家庭”一直在下水道过着隐姓埋名的生活。然而四小只却一直向往着外面的世界。当他们得知神秘反派超级苍蝇为非作歹、祸乱城市时,战胜邪恶、主持正义,进而被人类社会接纳的想法油然而生。当他们历尽艰辛,终于追踪到超级苍蝇时,却发现他及其手下同样也是变种生物。不过,遇到同类的喜悦很快被超级苍蝇想要毁灭人类世界的阴谋冲散。面对来势汹汹意欲统治地球的变种大军,四小神龟勇敢迎敌,一场翻天覆地的正邪较量即将上演!该片讲述了李想(杨廷东 饰)的父母在一次科考古墓时殉职,为替父母正名,李想与发小路瑶(胡雪儿 饰)、余德水(刘奔 饰)踏上了寻找关键证物——昆仑镜之路,三人经历重重考验、穿越神秘奇境、与灭世烛龙战斗的故事。